【プロが教える】会社売却の全知識｜相場算定・流れ・税金から成功させるポイントまで

会社売却は、企業の経営権を他社へ譲り渡す行為です。

売却元は売り手企業、売却先の企業は買い手企業となり、会社売却の手続きを進めていきます。

今回の記事では、会社売却（M&A）の基本的な知識からメリット・デメリットと会社売却の手順、成功させるポイントまでを解説します。

会社売却とは？

第三者に会社を売却する行為を会社売却と呼びます。

対して、会社のすべてではなく、事業の一部を売却する場合は、事業売却・事業譲渡と呼びます。

会社売却の場合、多くは株式譲渡と呼ばれる売り手企業の株式の移転によって対価が支払われます。

近年、少子化や後継者不足により会社売却を選択する経営者が増えているのが現状です。

仮に、これらの理由で会社売却ではなく、廃業させた場合、会社の資産価値が失われ、従業員も職を失うことになります。

多くの経営者が会社売却を選ぶ主な目的は、会社の安定化や売却利益の獲得、従業員の雇用を守ることです。

なぜ今、会社売却（M&A）が増加しているのか

かつて、日本において「会社の売却」や「M&A」という言葉は、どこかネガティブな響きを持って受け止められてきました。

「業績悪化による身売り」や「乗っ取り」といった、苦渋の決断というイメージが強かったのです。

しかし、今その認識は劇的な転換期を迎えています。

現代の経営において、会社売却は後ろ向きな撤退ではなく、企業と経営者の未来を切り拓くための「前向きな出口戦略（イグジット）」として確立されました。

「身売り」から「戦略的イグジット」へのポジティブな進化

現在、日本の経営者が直面している最大の課題は「後継者不在」です。

親族や社内に適任者がいない中で、黒字経営でありながら廃業を選ばざるを得ない企業が少なくありません。

こうした中、第三者に会社を託すM&Aは、従業員の雇用を守り、長年築き上げた技術やブランドを次世代につなぐための、もっとも合理的でポジティブな選択肢となっています。

経営者のリスクヘッジと「真の自由」の獲得

また、会社を売却することは、経営者個人の人生における絶大なリスクヘッジにもなります。

多くの中小企業経営者を苦しめている「個人保証（連帯保証）」から解放され、会社という重責を次世代にバトンタッチすることで、創業者利得（キャピタルゲイン）を手にし、余裕のあるハッピーリタイアを実現することが可能になります。

また、シリアルアントレプレナー（連続起業家）のように、売却益を元手に新たな事業へ挑戦する経営者も増えています。

会社売却のメリット

会社売却は単なる「出口（出口戦略）」ではなく、会社をより強固な基盤へ移し、経営者個人の人生を再スタートさせるための「攻めの選択」です。

会社売却による主なメリットは以下の4つです。

1. 創業者利益（キャピタルゲイン）の獲得
2. 従業員の雇用維持と取引先の保護
3. 個人保証・担保からの解放
4. シナジーによる会社の成長加速

それぞれ以下で解説します。

1. 創業者利益（キャピタルゲイン）の獲得

会社売却は税制面でも非常に効率的です。

役員報酬や配当として利益を受け取る場合は累進課税により最高で約55%もの税率が課されますが、株式譲渡であれば分離課税により一律約20%の税率で済むため、手元に残る現金（ネットキャッシュ）を最大化することが可能です。

このまとまった資金は、引退後のゆとりある生活を支えるだけでなく、シリアルアントレプレナー（連続起業家）として次なる新事業へ挑戦するための強力な軍資金となり、経営者の人生の選択肢を劇的に広げてくれます。

2. 従業員の雇用維持と取引先の保護

後継者不在による廃業という選択は、長年苦楽を共にしてきた従業員の解雇や、サプライチェーンを支える取引先への多大な損失を意味します。

しかし、会社売却はこれらを回避する唯一の「攻めの存続策」となります。

買い手企業の資本力やリソースを背景にすることで、会社は安定した経営基盤を得られます。

加えて、従業員にとっても福利厚生の充実や、より大きなプロジェクトへの参画といった、自社単独では提供できなかった新たなキャリアパスや処遇向上のチャンスが生まれます。

経営者としての社会的責任を全うし、築き上げた技術やブランドを次世代へ確実に繋ぐことは、精神的な満足感にも大きく寄与します。

3. 個人保証・担保からの解放

多くの中小企業経営者を長年縛り続けている「銀行借入に対する個人保証（連帯保証）」や自宅を担保に入れた極限の緊張状態から卒業できることは、大きなベネフィットです。

会社売却によってこれらの保証が買い手企業へ承継、あるいは売却代金での完済によって解除されることで、万が一の際にすべてを失うリスクから解放されます。

また、親族内承継で見られがちな「負債の保証もセットで引き継がせる」という後継者への心理的・経済的負担を一切残さず、クリーンな状態でバトンを渡せる点も、第三者への売却ならではのメリットといえます。

4. シナジーによる会社の成長加速

会社売却は単なる経営からの撤退ではなく、自社のポテンシャルを最大限に解放するための「戦略的提携」としての側面を持っています。

自社単独では限界があった営業網や資金力、ブランド力を買い手企業から補完されることで、1＋1が3以上になる相乗効果（シナジー）が生まれ、会社は第二の創業期とも呼べる劇的な成長軌道に乗ることが可能です。

大手グループの傘下に入りガバナンスや採用力が強化されることで、より優秀な人材が集まり、自社製品やサービスが全国、あるいは世界へと広まっていく様子を見届けることは、創業者にとってこの上ない喜びとなります。

会社売却のデメリット

メリットの裏側には、経営者が事前に覚悟し、対策を講じるべきリスクが存在します。

会社売却による主なデメリットは以下の4つです。

1. 競業避止義務によるビジネス制限
2. 経営権の喪失と「ロックアップ期間」
3. ロイヤリティの低下と人材流出（PMIリスク）
4. 表明保証違反のリスク

それぞれ以下で解説します。

1. 競業避止義務によるビジネス制限

売却後、数年間（一般的に2〜5年程度）は同一地域や同一業種での起業・営業活動が契約で禁止されます。

会社法（事業譲渡）では20年という規定がありますが、実務（株式譲渡）では契約交渉によって期間と範囲を決定します。

次のビジネスを計画している場合は、この縛りを緩める交渉が不可欠です。

2. 経営権の喪失と「ロックアップ期間」

売却後は「オーナー」ではなくなります。たとえ一定期間、顧問や社長として残る（ロックアップ）場合でも、最終決定権は親会社にあります。

自分の愛着ある会社が自分の意図しない方向に変わっていく様子を目の当たりにし、葛藤を抱える経営者は少なくありません。

3. ロイヤリティの低下と人材流出（PMIリスク）

経営者が変わることで、これまでの社風や評価制度が変更されることへの不安から、優秀な幹部や従業員が離職してしまうリスクがあります。

これを防ぐには、売却前の情報管理と、売却後の丁寧な統合プロセス（PMI）が重要です。

4. 表明保証違反のリスク

契約時に「会社の実態に嘘偽りがないこと」を誓約（表明保証）します。

万が一、売却後に未払い残業代や税務トラブルなどが発覚した場合、買い手から損害賠償請求を受けたり、売却代金の一部返還を求められたりする法的リスクがあります。

自社の価値はいくらか？「売却相場」の算出と評価

「自分の会社は一体いくらで売れるのか？」

経営者が会社売却を考える際、もっとも関心があり、かつもっとも不安を感じるのがこの「企業価値評価（バリュエーション）」です。

会社の価格は、単なる預貯金の額や決算書の数字だけでは決まりません。

ここでは、M&Aの実務で使われる3つの主要な算出手法と、中小企業の現場でもっとも多用される計算モデル、そして価格を左右する「のれん」の正体について深く掘り下げていきます。

バリュエーションの3大手法

企業価値を算定するアプローチは、大きく分けて「市場」「収益」「資産」の3つの視点があります。

これらの方法で相場を算出し、さらに期待できるシナジー効果や負債などを加味して決定していきます。

参考：中小M&Aガイドライン

「のれん（営業権）」が決まる要素とは

中小企業の売却価格において、純資産に上乗せされる「プラスアルファ」の金額を「のれん（営業権）」と呼びます。

買い手が「純資産以上の対価を払ってでも手に入れたい」と考える無形の資産です。

具体的には、以下の要素がのれん代を大きく左右します。

• 独自の技術・ノウハウ： 他社が真似できない特許や製造工程。
• 強固な顧客リスト： 長年築いた信頼関係や、リピート率の高い顧客基盤。
• ブランド・認知度： 特定の地域や業界での圧倒的な知名度。
• 優秀な人材： 熟練の技術者や、自走できる組織体制。

【計算例】売却価格シミュレーション

中小企業のM&Aでもっとも実務的に使われる「年買法（ねんがいほう）」でシミュレーションしてみましょう。

計算式：時価純資産 ＋（実質営業利益 × 2〜5年分）

【企業の状況】

• 年商：1億円
• 実質営業利益：1,000万円（役員報酬の適正化などを考慮後）
• 時価純資産：3,000万円

【算出結果】

• のれん代（3年分とした場合）：1,000万円 × 3年 ＝ 3,000万円
• 売却予想価格：3,000万円 ＋ 3,000万円 ＝ 6,000万円

このように、利益の数年分が上乗せされるのが一般的な相場感です。

ただし、IT企業の場合は将来性が高く評価され、より高い倍率がつく傾向にあります。

評価を下げる要因：経営者が注意すべき「落とし穴」

一方で、いくら利益が出ていても、以下の「マイナス要因」があると価格は大幅に叩かれるか、最悪の場合は破談になります。

• 簿外債務の存在： 未払いの残業代、退職給付引当金の不足、債務保証など。これらはデューデリジェンスで必ず発覚します。
• 訴訟リスク・コンプライアンス違反： 過去のトラブルや法令遵守の欠如。
• 特定の取引先への過度な依存： 売上の大半が1社に依存している場合、その契約が切れると事業が立ち行かなくなるため、買い手はリスクと判断します。
• オーナーへの属人化： 「社長がいないと現場が回らない」会社は、売却後の価値が低いとみなされます。

会社を高く売るためには、これらのリスクを事前に洗い出し、「社長がいなくても回る組織」へと磨き上げておくことが不可欠です。

会社売却の具体的なスキーム（手法）

会社売却と一口に言っても、法的な手続き（スキーム）にはいくつかの種類があります。

どの手法を選ぶかによって、手続きの煩雑さ、税金、そして従業員や取引先の契約引き継ぎ方法が大きく異なります。

中小企業のM&Aにおいて検討すべき、主要なスキームを解説します。

株式譲渡：手続きがもっとも簡便で、個人の手残りを最大化できる

中小企業のM&Aで全体の約8割〜9割を占めるのが、この「株式譲渡」です。

オーナー経営者が保有する自社の株式を買い手に譲渡し、対価として現金を受け取る手法です。

事業譲渡：「この事業だけ売りたい」資産・負債の選別が可能

会社全体ではなく、特定の事業部門や店舗、資産だけを切り離して売却する手法です。

特殊なケース：第二会社方式や株式交換

一般的な譲渡以外にも、企業の状況によっては特殊なスキームが活用されます。

どのスキームが最適かは、「会社を丸ごとリタイアしたいのか」「特定の事業に専念したいのか」という経営者自身の目的によって決まります。

まずはもっともシンプルな「株式譲渡」が可能かどうかを軸に検討を進めるのが定石です。

相談から着金まで：会社売却の「6つのフェーズ」

会社売却の手続きは多岐にわたりますが、大きく分けると以下の6つのフェーズで進んでいきます。

1. 売却準備とパートナー選定
2. 買い手探しとマッチング
3. 経営者同士のトップ面談
4. 基本合意の締結
5. デューデリジェンス（最終調査）
6. クロージングと引き継ぎ

フェーズ1：売却準備とパートナー選定

 まずは「自社の磨き上げ」からスタートします。

直近3期分の決算書を整理し、不要な資産の処分や私的費用の解消を行い、企業価値を高めます。

同時に、売却の成否を分けるM&A仲介会社やFA（アドバイザー）を選定し、秘密保持契約とアドバイザリー契約を締結します。

【ポイント】
手数料体系（レーマン方式）をこの時点でしっかり把握しておくことが大切です。

フェーズ2：買い手探しとマッチング

社名を伏せた「ノンネームシート（匿名資料）」で買い手候補を募ります。

興味を持った候補企業に対し、秘密保持を結んだ上で、詳細な事業内容を記した「企業概要書（IM）」を開示します。

【ポイント】
買い手の「ネームクリア（実名開示の許可）」を行う際、競合他社など情報を知られたくない先を慎重に除外します。

フェーズ3：経営者同士のトップ面談

書類選考を通過した候補企業の経営者と直接対話します。

条件交渉というよりは、お互いの「経営理念」「社風」「従業員の処遇」など、数字に表れない部分の相性を確認する場です。

【ポイント】
「この人になら自社を託せる」という直感的な信頼関係が、後のトラブルを防ぎます。

フェーズ4：基本合意の締結

譲渡価格の概算やスキーム、今後のスケジュールについて双方が合意し、書面を交わします。

【ポイント】
通常ここには「独占交渉権」が付与されます。これにより、他の買い手候補との交渉を停止し、最終合意に向けた一対一の調査期間に入ります。

フェーズ5：デューデリジェンス（最終調査）

買い手側が公認会計士や弁護士を伴い、貴社の実態を徹底的に調査します。

財務、法務、労務などあらゆる角度からリスクを洗い出します。

調査をクリアすれば、「最終契約（SPA）」を締結し、譲渡条件を確定させます。

【ポイント】
ここで隠しごとが発覚すると、価格の減額や破談に直結するため、誠実な情報開示が求められます。

フェーズ6：クロージングと引き継ぎ

最終契約に基づき、株式や事業の譲渡が実行され、売却代金が着金します。

これをもって経営権が移転しますが、その後数ヶ月〜数年は、円滑な引き継ぎのために「PMI（ポスト・マージ・インテグレーション）」と呼ばれる統合プロセスが続きます。

経営者がもっとも気になる「税金」と「手残り」の計算

会社を売却して得られる金額が1億円だったとしても、そのすべてが経営者の手元に残るわけではありません。

最終的に自分の銀行口座にいくら入るのか、つまり「手残り（ネットキャッシュ）」を左右するのは税金です。

ここでは、もっとも一般的な「株式譲渡」を中心に、手残りを最大化するための税務戦略を解説します。

株式譲渡所得税の仕組み：一律「20.315%」の内訳

個人が保有する株式を売却した場合、その譲渡益に対して税金がかかります。

給与所得などの他の所得とは合算せずに計算する「分離課税」が適用されるため、どれだけ大きな利益が出ても税率は一定です。

• 所得税： 15%
• 住民税： 5%
• 復興特別所得税： 0.315%
• 合計： 20.315%

【計算例】
取得費（資本金など）が1,000万円の会社を1億1,000万円で売却した場合：譲渡益1億円 × 20.315% ＝ 約2,031万円が税金となります。

このシンプルかつ比較的低い税率が、株式譲渡が選ばれる最大の理由です。

参考：国税庁：No.1463 株式等を譲渡したときの課税(申告分離課税)

2025年以降の所得税改正について

これまで「1億円の壁」とも呼ばれてきた通り、株式譲渡益がどれだけ巨額でも税率は約20%に抑えられてきました。

しかし、税負担の公平性を確保するため、2025年（令和7年）分の所得から新たな課税ルールが適用されています。

具体的には、合計所得金額から3.3億円を差し引いた金額に対し、22.5%の税率を適用して計算した金額が、通常の所得税額を超える場合にその差額が追加で課税される仕組みです。

• 対象となるケース： 売却益やその他の所得の合計が概ね30億円を超える超大型案件の場合。

• 影響： 数億円規模の中小企業M&Aでは、引き続き従来の約20%の税率が適用されるケースがほとんどですが、巨額のキャピタルゲインを得る場合は、実効税率が上昇する可能性があるため注意が必要です。

参考：極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置について｜国税庁
参考：令和5年度 税制改正の解説（個人所得課税）｜財務省

手残りを増やす方法：退職金支給の活用

さらに手残りを増やしたい場合に検討されるのが、「株式の譲渡価格」の一部を「役員退職金」として受け取る方法です。

退職金にする方が有利な理由は、退職所得には税務上の大きな優遇措置があるからです。

• 退職所得控除： 勤続年数に応じた一定額まで非課税。
• 2分の1課税： 控除後の金額をさらに半分にしてから税率を掛ける。
• 分離課税： 他の所得と分けて計算される。

【節税方法のイメージ】
買い手企業に「1億円の株代金」を支払ってもらう代わりに、「8,000万円の株代金 ＋ 2,000万円の役員退職金」という構成にします。

事業譲渡の場合の注意点：法人税と消費税の壁

「事業譲渡」を選んだ場合、税金の仕組みは一気に複雑になり、オーナー個人への還流コストも高くなります。

「二重の課税」が発生するため、特別な事情（赤字会社で相殺できるなど）がない限り、個人の手残りを最大化したい経営者には株式譲渡が推奨されます。

会社売却を成功に導く4つの重要ポイント

会社売却を「単なる資産の現金化」と考えてしまうと、価格交渉で不利に立たされたり、譲渡後に思いもよらないトラブルに見舞われたりすることがあります。

売却を成功させる経営者に共通しているのは、買い手から選ばれるのを待つのではなく、自ら「売れる条件」を作り出している点です。

ここでは、譲渡価格の最大化とスムーズな経営権移転を実現するために、経営者が必ず押さえておくべき4つの戦略的ポイントを解説します。

ポイント①： 業績が好調な時期に「早めの準備」を開始する

多くの経営者が「業績が悪くなってから」売却を考え始めますが、これは大きな誤りです。

買い手がもっとも魅力を感じるのは、将来の収益性が期待できる「右肩上がりの時期」です。

• 磨き上げ（ブラッシュアップ）： 売却の1〜3年前から、不要な資産の整理やコスト削減を行い、利益率を最大化しておくことで、企業評価（バリュエーション）を劇的に高められます。

• タイミングの逸失を防ぐ： 業界再編の動きや景気動向など、外部環境が良い時期を逃さないスピード感も重要です。

ポイント② ：シナジー（相乗効果）を最大化できる買い手を選ぶ

最高値で会社を売却するコツは、自社の弱みを補ってくれる相手ではなく、自社の強みを活用して「1＋1を3以上」にできる買い手を見つけることです。

「自社の顧客基盤を渡せば、買い手は広告費をこれだけ削減できる」といった具体的な相乗効果を買い手のメリットとして言語化することで価格交渉において強い主導権を握れます。

ポイント③ ：優秀なアドバイザー（仲介会社・FA）を味方につける

M&Aには高度な法務・税務・財務の知識が不可欠です。

プロのアドバイザーを介して、買い手側との情報の非対称性を解消することが、不利な契約を防ぐ唯一の手段となります。

ポイント④： 従業員や取引先への配慮とタイミングの徹底

情報管理を徹底し、従業員や取引先に知られることなく交渉を進めることが鉄則です。

不用意な情報漏洩は、現場の混乱や集団離職を招き、企業価値を毀損させる最大の原因になります。

会社売却で経営者が肝に銘じるべき注意点

会社売却は、一度契約書に調印してしまえば後戻りのできない「一発勝負」のプロジェクトです。

交渉が順調に進んでいるように見えても、経営者自身のたった一つの油断や誤解が、長年築き上げた企業価値を毀損させたり、売却後の人生に深刻なリスクをもたらしたりすることがあります。

ここでは、成約を台無しにする「破談の原因」や、売却後に経営者が陥りやすい法的・心理的なトラブルを防ぐために、必ず意識しておくべき留意点を解説します。

注意点①：誠実な情報開示を怠らない（表明保証リスク）

デューデリジェンス（調査）において、不都合な真実（簿外債務や未払い残業代、過去のトラブルなど）を隠してはいけません。

• 信頼の崩壊： 調査段階で隠しごとが発覚すると、買い手の不信感は一気に高まり、大幅な減額や交渉決裂を招きます。

• 損害賠償の可能性： 最終契約には「表明保証（開示情報が真実であることを誓約する）」が含まれます。売却後に嘘が発覚した場合、多額の損害賠償を請求される恐れがあります。

注意点②：「価格」だけに固執しすぎない

もちろん譲渡価格は重要ですが、価格ばかりを優先した結果、社風がまったく合わない企業に売却してしまい、長年連れ添った従業員が全員辞めてしまうという悲劇も少なくありません。

「雇用継続」「ブランド名の維持」など、価格以外の条件についても明確な優先順位を持っておくことが、後悔しない売却への近道です。

注意点③：経営権移転後の「ロックアップ」と役割の変化

売却後、旧オーナーとして一定期間会社に残ることを求められる（ロックアップ）ケースが多々あります。

「昨日まで自分の城だった場所が、今日からは他人の所有物になる」という現実に適応できず、心理的な葛藤から買い手側と衝突してしまうケースは少なくありません。

売却後の自分の立場や権限をあらかじめ明確にイメージしておく必要があります。

会社売却は廃業や倒産を回避する最善策

今回の記事では、会社売却の基本的な知識やメリット、会社売却の際の流れについて解説しました。

会社売却は、工程が多く、労力が必要ですが、その分のメリットが大きいのも事実です。

特に、従業員の雇用を守れる点は従業員だけでなく、その家族にとってもメリットです。

さらに、経営者自身も売却益を受け取れるなどのメリットがあります。

会社売却の買い手企業探しや一連の手続きには、専門的な知識を持つ第三者の介入が必要です。

会社売却の意思を固めたら、まずは力になってもらえる専門家を探すことから始めてみましょう。

M＆AアドバイザリーとしてM&Aに関連する一連のアドバイスと契約成立までの取りまとめ役を担っている「株式会社パラダイムシフト」は、2011年の設立以来豊富な知識や経験のもとIT領域に力を入れ、経営に関するサポートやアドバイスを実施しています。

パラダイムシフトが選ばれる4つの特徴

• IT領域に特化したM&Aアドバイザリー
• IT業界の豊富な情報力
• 「納得感」と「満足感」の高いサービス
• プロフェッショナルチームによる適切な案件組成

M&Aで自社を売却したいと考える経営者や担当者の方は、ぜひお気軽にお問い合わせください。

またM&Aを成功させるためのコツについて全14ページに渡って説明した資料を無料でご提供しますので、下記よりダウンロードしてください。