M&A株式譲渡の基本と流れ｜売却価格の目安や最新の税金影響も解説

 株式譲渡とは、売り手企業の株主が保有する株式を買い手企業に売却することで、会社の経営権を包括的に移転させる手法です。

中小企業のM&Aにおいて、事業や従業員の雇用を維持しながら会社を承継できる、もっとも一般的かつ簡便な選択肢の一つです。

この記事では、後継者不在に悩む中小企業の経営者が会社の売却を検討する際に、M&Aにおける株式譲渡の基本的なプロセス、メリット・デメリット、売却価格の目安、税金、そして必要な準備までを網羅的に解説します。

この記事のポイント

• M&Aにおける株式譲渡は、会社の経営権を包括的に譲渡し、事業と雇用を維持する中小企業の事業承継で一般的な手法です。
• 手続きは、専門家への相談から始まり、相手探し、交渉、契約締結、クロージングまで計画的に進める必要があります。
• 売却価格は、純資産や収益性をもとにした企業価値評価を基礎とし、最終的には交渉によって決定されます。
• 株式譲渡で得た利益には約20%の税金が課されますが、役員退職金の活用などで税負担を軽減できる可能性があります。
• M&Aを成功させるには、事前の情報整理と、IT領域など特定分野に強みを持つパラダイムシフトのような専門ファーム（M&Aアドバイザー）の選定が重要です。

中小企業の経営者が知るべきM&A「株式譲渡」の本質

M&Aにおける株式譲渡とは、売り手企業の株主が保有する株式を買い手企業に売却することで、会社の経営権を包括的に移転させる手法です。

後継者不在に悩む中小企業にとって、会社の存続と発展を第三者に託すためのもっとも一般的で有効な選択肢の一つとされています。

ここでは、株式譲渡が中小企業のM&Aにおいてどのような立ち位置にあるのか、そして他の事業承継スキームとどう違うのかを解説します。

中小企業のM&Aにおける株式譲渡の立ち位置

中小企業のM&Aにおいて株式譲渡がもっとも多く選択される理由は、手続きの簡便さと経営の包括的な承継が可能な点にあります。

株式の売買によって会社の支配権が移転するため、事業に必要な資産や負債、許認可、契約関係、従業員などを個別に移転させる手続きが原則として不要です。

これにより、買い手は事業をスムーズに引き継ぐことができ、売り手にとっては会社を丸ごと譲渡できるため、事業の継続性を保ちやすいという大きな利点があります。

特に、長年築き上げてきた取引先との関係や、従業員の雇用を守りたいと考える経営者にとって、株式譲渡は有力な選択肢といえるでしょう。

他の事業承継スキームと株式譲渡の違い

株式譲渡とよく比較されるM&Aスキームに「事業譲渡」がありますが、両者の最大の違いは譲渡の対象範囲です。

株式譲渡が会社全体（法人格）を譲渡するのに対し、事業譲渡は会社が持つ事業の一部または全部を選択して譲渡する手法です。

以下の表で、両者の主な違いを整理します。

売り手経営者にとって、株式譲渡は手続きがシンプルで、会社を一体として承継できるメリットがあります。

一方で、買い手にとっては不要な資産や簿外債務まで引き継ぐリスクも伴います。

自社の状況や譲渡の目的に応じて、どのスキームが最適かを見極めることが重要です。

株式譲渡の基本的な手続きと全体の流れ

株式譲渡による会社の売却は、検討開始から最終的な引き継ぎ完了まで、通常6ヶ月から1年以上を要するプロセスであり、計画的に進める必要があります。

各ステップで何をすべきかを事前に理解しておくことで、経営者は冷静な判断を下し、交渉を有利に進めることができます。

ここでは、M&Aの専門家への相談からクロージングまで、全体の流れを具体的に解説します。

相談から売却意思決定までの初期ステップ

株式譲渡の最初のステップは、信頼できるM&A専門家へ相談し、自社の状況を客観的に把握することです。

この段階では、M&A仲介会社やアドバイザーと秘密保持契約（NDA）を締結した上で、会社の財務状況や事業内容などの情報を提供します。

専門家は提供された情報をもとに、会社の企業価値を簡易的に算定（プレバリュエーション）し、M&Aの実現可能性や想定される売却価格のレンジを提示します。

この結果を踏まえ、経営者は正式に会社売却を進めるかどうかの意思決定を行います。

IT領域に特化したM&Aアドバイザリーである弊社パラダイムシフトのような専門ファームは、業界の深い知見に基づき、的確なアドバイスを提供しています。

相手探しと交渉プロセスの進め方

売却の意思決定後は、M&Aアドバイザーを通じて買い手候補となる企業を探すプロセスに入ります。

まず、ノンネームシート（社名が特定されない形の企業概要書）を基に広く候補先を募り、関心を示した企業と秘密保持契約を締結後、より詳細な企業情報（インフォメーション・メモランダム）を開示します。

その後、双方の経営陣によるトップ面談を経て、基本的な譲渡条件を定めた基本合意書（MOU/LOI）を締結するのが一般的です。

基本合意後、買い手は売り手企業のリスクを詳細に調査するデューデリジェンス（DD）を実施します。

この調査結果を基に、最終的な譲渡価格や条件の交渉が行われます。

【関連記事】【売り手企業向け】デューデリジェンス（DD）の種類と買い手が見るポイントを徹底解説！企業が行うべき対策とは？

契約締結と実行、そしてクロージング

最終的な条件交渉がまとまると、法的拘束力を持つ最終契約書（SPA: Stock Purchase Agreement）を締結します。

この契約書には、譲渡価格、支払方法、株主の表明保証、譲渡後の義務など、M&Aに関するすべての取り決めが詳細に記載されます。

契約締結後、定められたクロージング日（決済日）に、売り手は株式を譲渡し、買い手は譲渡対価を支払います。

これにより、会社の経営権は正式に買い手へ移転します。

クロージング後も、経営の円滑な引き継ぎ（PMI: Post Merger Integration）のために、前経営者（旧経営者）が一定期間、顧問やアドバイザーとして会社に関与することが多くあります。

経営者にとっての株式譲渡：売却のメリット・デメリットを整理

株式譲渡は、会社を売却する経営者にとって、事業の継続や創業者利益の獲得といった大きなメリットをもたらす一方で、想定外の責任や制約といったデメリットも伴います。

M&Aを進める前に、これらの光と影の両側面を正確に理解し、自社の状況と照らし合わせて慎重に判断することが後悔しないための鍵となります。

売却側が得られる主なメリット

株式譲渡が売り手経営者にもたらす最大のメリットは、会社の事業と従業員の雇用を維持したまま、会社を次世代に承継できる点です。

主なメリットは以下の通りです。

実際に弊社パラダイムシフトが支援した事例では、創業50年超の貴金属加工業がマーケティング企業へ参画し、伝統的な技術基盤の継承が実現しています。

注意すべきデメリットとリスク

株式譲渡で特に注意すべきデメリットは、会社の経営権を完全に手放すことになり、譲渡後の会社の運営に関与できなくなることです。

一方で、その他にも株式譲渡を進める上で経営者が認識しておくべきリスクが存在します。

その他、以下の点に注意が必要です。

会社の売却価値はどのくらい？M&Aにおける企業価値評価の目安

M&Aにおける会社の売却価格は、客観的な企業価値評価（バリュエーション）を基礎としながらも、最終的には買い手との交渉によって決定されます。

「自社はいくらで売れるのか」という点は、会社の売却を検討する経営者にとって、もっとも関心の高い事項の一つでしょう。

自社の価値を正しく理解し、交渉に臨むための基本的な知識を身につけましょう。

主要な企業価値評価方法とその特徴

企業価値を評価する主要なアプローチには、コストアプローチ、インカムアプローチ、マーケットアプローチの3種類があります。

実際のM&Aでは、これらの手法を複数組み合わせて、多角的に企業価値を算定することが一般的です。

【関連記事】M&Aにおけるバリュエーション（企業価値評価）とは？計算式や手法を徹底解説

中小企業のM&Aで重視されるポイント

中小企業のM&Aにおいて、買い手が特に重視するのは、帳簿には表れない「のれん（営業権）」を生み出す無形の資産です。

財務諸表の数字だけでなく、以下のような定性的な要素が企業価値を大きく左右します。

売却価格を最大化するためのヒント

会社の売却価格を少しでも高めるためには、売却を決断する前から計画的に企業価値の向上（磨き上げ）に取り組むことが重要です。

具体的には、不採算事業の整理、コスト削減による収益性の改善、属人的な業務の標準化、魅力的な事業計画の策定などが挙げられます。

また、交渉戦略も価格を左右します。

複数の買い手候補と同時に交渉を進めることで競争環境を作り出し、より有利な条件を引き出すことが可能になります。

そのためにも、幅広いネットワークを持つM&Aアドバイザーの選定が不可欠です。

株式譲渡で発生する税金と税負担を軽減するポイント

株式譲渡によって会社を売却した場合、株主である経営者個人が得た利益（譲渡所得）に対して、合計で20.315%の税金が課されます。

多額の現金を手にする一方で、税金の負担も大きくなるため、その仕組みを正しく理解し、適切な対策を講じることが重要です。

税務に関する最終的な判断は、必ず税理士などの専門家にご相談ください。

株主個人の譲渡所得にかかる税金の種類と税率

株主個人の譲渡所得にかかる税金は、所得税、復興特別所得税、住民税の3種類です。

これらは「申告分離課税」の対象として給与所得など他の所得とは合算せずに税額が計算され、税率は以下の通りです。

• 所得税: 15%
• 復興特別所得税: 0.315% （所得税額の2.1%）
• 住民税: 5%

これらを合計すると、譲渡所得に対して20.315%の税率が適用されます。

これらの税率は2026年時点のものです。税制は改正される可能性があるため、常に最新の情報を確認してください。

税金計算の基本的な考え方

課税対象となる譲渡所得は、以下の計算式で算出されます。

例えば、売却価格が1億円、取得費が100万円、譲渡費用が500万円の場合、譲渡所得は9,400万円となり、その20.315%である約1,910万円が税額となります。

税務上の注意点と節税対策の可能性

株式譲渡で利益を得た場合、譲渡した年の翌年に確定申告を行う必要があります。

税負担を合法的に軽減する方法として、役員退職金を活用するスキームが考えられます。

M&Aのクロージング前に、経営者が会社から役員退職金を受け取ることで、譲渡所得の一部を退職所得に振り替える方法です。

退職所得は税制上優遇されているため、譲渡所得として課税されるよりも税負担を抑えられる可能性があります。

ただし、不相当に高額な退職金は税務署から否認されるリスクもあるため、実行にあたっては必ず税理士などの専門家と相談し、慎重に進める必要があります。

2026年度（令和8年度）税制改正による株式譲渡益への影響（売り手）

M&Aによる株式譲渡益（イグジット）に対しては、金融所得課税の適正化（いわゆる「1億円の壁」問題への対応）に伴う課税強化に注意が必要です。

超高額所得者に対する課税特例（ミニマムタックス）は2025年分所得から導入されていますが、2026年度税制改正により、2027年（令和9年）分以降の所得からさらに課税が強化されることが確定しました。

従来の制度では、数十億円規模の超大型M&Aでなければ実質的な追加課税が発生しにくい仕組みでした。しかし、控除額の半減と税率引き上げにより、2027年以降は「譲渡益が数億円規模」のオーナー経営者も大幅な増税対象となります。

株式売却時の手残りを最大化したい経営者にとって、現行税制が適用される2026年中の売却完了を目指すか、増税を見越した資金計画を立てるかという「M&Aのタイミング」の戦略的判断がより一層重要となっています。

参照元：令和８年度税制改正の大綱の概要

株式譲渡をスムーズに進めるための事前準備と専門家の選び方

株式譲渡を成功に導くためには、売却活動を始める前の周到な準備と、自社の状況に最適なM&A専門家との連携が不可欠です。

準備を怠ると、交渉が不利になったり、最悪の場合はM&Aが成立しなかったりする可能性もあります。

ここでは、具体的に何を準備すべきか、そして信頼できるパートナーをどう選ぶかについて解説します。

売却に向けた社内体制と情報整理

株式譲渡をスムーズに進めるためには、あらかじめ必要な情報を整理し、資料を準備しておくことが重要です。

M&Aのプロセスでは、買い手からさまざまな資料の提出を求められるため、事前の準備によってスムーズな対応が可能になります。

最低限、以下の資料はすぐに提示できるように整備しておきましょう。

• 過去3〜5期分の決算書・申告書
• 会社の定款、登記簿謄本
• 株主名簿、株主総会議事録
• 重要な契約書（賃貸借契約、取引基本契約、借入契約など）
• 従業員名簿、就業規則、給与規程
• 許認可証
• 組織図

また、M&Aの情報は機密性が高いため、社内でも経営幹部など限られたメンバーのみでプロジェクトを進める体制を構築することが一般的です。

法務・財務デューデリジェンスに備える準備

デューデリジェンス（DD）に備えて、自社の法務・財務面での潜在的な問題を事前に洗い出し、整理しておくことが求められます。

DDは、買い手が売り手企業のリスクを精査する重要なプロセスであり、事前に問題を把握し対策を講じておくことで、交渉を円滑に進めることができます。

弊社パラダイムシフトでは、買い手側の視点に立ったデューデリジェンスサービスも提供しており、売り手側が事前に準備すべきポイントについても深い知見を持っています。

【関連記事】財務デューデリジェンス（DD）の対策と必要資料リスト｜減額リスクを防ぐポイント
【関連記事】法務デューデリジェンス（法務DD）とは？目的・調査項目とトラブルを防ぐための事前準備

M&A仲介会社など専門家を選ぶ際の着眼点

M&A仲介会社やアドバイザーを選ぶ際には、以下の点を総合的に評価して判断しましょう。

M&Aの成否は、共に歩むパートナーである専門家選びにかかっていると言っても過言ではないため、慎重な選定が求められます。

IT領域に特化したM&Aアドバイザリーとして豊富な実績を持つ弊社パラダイムシフトは、業界の深い知見と広範なネットワークを活かし、最適なマッチングを実現します。

株式譲渡を成功させる一番の鍵は、専門家任せにせず、経営者ご自身が自社の強みと課題を事前に整理しておくことです。

長年現場にいて痛感しますが、買い手が本当に見ているのは決算書の数字だけではありません。帳簿に出てこない現場の強みや、逆に未払い残業代のような隠れたリスクを正確に把握したいのです。ここがあやふやだと、交渉の最終段階で大幅な減額や破談に追い込まれてしまいます。

さらに2027年以降の税制改正による増税リスクも考えると、タイミングを見極めた迅速な準備が手残りを左右します。まずは自社の現実的な価値を知り、磨き上げることから始めてみてください。

M&Aの株式譲渡についてよくある質問（FAQ）

M&Aの株式譲渡についてよくある質問をまとめましたので参考にしてください。

株式譲渡と事業譲渡は、M&Aにおいて具体的に何が違うのですか？

株式譲渡と事業譲渡の最大の違いは譲渡対象の範囲です。株式譲渡は会社の経営権全体（法人格）を譲渡するのに対し、事業譲渡は会社が持つ事業の一部または全部を選択して譲渡します。株式譲渡は手続きが比較的簡便で、事業と雇用を包括的に承継できる点がメリットです。

M&Aで株式譲渡を行う場合、手続きにはどのくらいの期間が必要ですか？

株式譲渡による会社の売却は、検討開始から最終的な引き継ぎ完了まで、通常6ヶ月から1年以上を要する計画的なプロセスです。M&A専門家への相談から始まり、買い手探し、交渉、デューデリジェンス、契約締結、クロージングと段階的に進みます。

株式譲渡で会社を売却するメリットと、注意すべきデメリットにはどのようなものがありますか？

株式譲渡の主なメリットは、会社の事業と従業員の雇用を維持したまま、創業者利益を得て次世代に事業承継できる点です。一方、デメリットとしては、経営権を完全に手放すため、譲渡後の運営に関与できなくなることや、簿外債務などのリスクを伴う点が挙げられます。

株式譲渡で会社を売却する際、売却価格はどのように決定されるのですか？

会社の売却価格は、純資産や将来の収益性を基にした客観的な企業価値評価（バリュエーション）を基礎としながら、最終的には買い手との交渉によって決定されます。特に中小企業では、収益性、技術力、顧客基盤といった無形の「のれん（営業権）」も重視されます。

株式譲渡で得た利益には、どれくらいの税金がかかりますか？

株式譲渡によって得た利益（譲渡所得）には、株主個人に対して合計で20.315%の税金が課されます。これは所得税15%、復興特別所得税0.315%、住民税5%の内訳で、給与所得などとは合算されない「申告分離課税」の対象となります。

まとめ：後継者不在のM&A成功に向けた株式譲渡の活用

後継者不在という課題を解決するためのM&A、特に株式譲渡は、会社の未来を次世代に託し、経営者自身の新たな人生を切り開くためのきわめて有効な選択肢です。

本記事で解説したように、株式譲渡は手続きが比較的簡便で、事業や雇用を一体として承継できる大きなメリットがあります。

一方で、そのプロセスは複雑であり、企業価値評価、交渉、税務など、多くの専門的な知識が求められます。

納得のいくM&Aを実現するためには、まずは自社の現状を客観的に把握し、信頼できる専門家をパートナーに選ぶことが第一歩です。

M&Aアドバイザリーとして、M&Aに関連する一連の助言や契約成立までの取りまとめを担うパラダイムシフトは、2011年の設立以来、豊富な知識と経験をもとにIT領域に注力し、経営に関する支援を提供しています。

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