個人株主がM&Aを行う場合、所得税において様々な論点があります。株式譲渡、退職金、みなし配当など注意が必要な点がありますので、具体例を交えながら解説していきます。
１．株式譲渡にかかる所得税の基本
株式譲渡にかかる税率は20.315%です。内訳は所得税15%、住民税5%、特別復興所得税0.315%となります。
株式譲渡にかかる所得税は以下の計算式により計算することができます。
課税所得金額＝譲渡収入金額－（取得費＋付随費用）
株式譲渡にかかる所得税＝課税所得金額×20.315%
具体的な数字例を元に計算式に当てはめてみましょう。1,000万円の資本金、株式100%を保有しているオーナー会社を第三者に1億円で売却したケースです。付随費用としてM&A仲介会社に500万円を支払ったものとします。
課税所得金額 = 1億円－（1,000万円＋500万円） = 8,500万円
株式譲渡にかかる所得税 = 8,500万円×20.315% = 1,727万円
株式譲渡にかかる所得税は分離課税であり、他の所得と損益通算できません。
２．みなし贈与課税
個人株主が個人に対して、時価より安い価格または無償で譲渡した場合、みなし贈与課税が発生する場合があります。
先ほどの例で 0円で個人へ売却した場合：
課税所得金額 = 0円－（1,000万円＋500万円） = ▲1,500万円 → 所得税なし
一方、受け取った個人は 1億円を無償取得したことになるため、贈与税の対象となります。
３．退職金にかかる所得税
売却前に社長や家族へ退職金を支払うケースがあります。退職金は税務上優遇されているため注意が必要です。
＜退職金の課税所得＞
（収入金額 － 退職所得控除）× 1/2
勤続年数20年以下：40万円×年数
20年超：800万円＋70万円×（年数－20）
例：勤続21年 → 870万円の退職所得控除
退職金2,000万円 → 課税所得 =（2,000万円－870万円）×1/2 = 565万円
565万円に累進税率20%を適用：
565万円×20%－427,500円 = 702,500円
→ 2,000万円もらっても税金は約70万円
４．個人株主にかかるみなし配当
自己株式取得や合併などで株主に資金が配分されると、みなし配当が発生します。
例：みなし配当1,000万円 → 源泉徴収20.315% ≒ 203万円
配当所得（分離課税）扱いのため、基本的には申告不要です。
５．その他実務上の留意点
（１）納税時期
株式売却の翌年2～3月に確定申告で納税。忘れず資金確保が必要。
（２）節税方法
個人の株式売却益は分離課税で損益通算不可。
事業赤字と通算したい場合は法人が有利になる可能性あり。
（３）売却損が出た場合
未上場株式の売却損は原則繰越不可。
ただし「特定中小会社株式」は要件を満たせば3年繰越可能。
６．まとめ
個人株主のM&Aでは、株式譲渡所得、退職金、みなし配当など税務が大きく変わります。
売却金額が大きくなるため、事前に税理士へ相談し、納税額やスキーム検討をしておくことが非常に重要です。
